La iniciativa de aplicar exámenes a estudiantes de pregrado se remonta al año 1966; su realización fue una de las propuestas del Plan Nacional para la Educación Superior en Colombia. Posteriormente, en 1981, con la reforma de la educación superior, se proponen como opción complementaria para evaluar la calidad de los programas académicos de pregrado; esta propuesta fue objeto de múltiples debates hasta 1989. Desde el año 1990 los planes de gobierno los han incluido como parte de las políticas del sector educativo.

El Plan de Educación 2000–2002 incluyó los Exámenes de Estado de Calidad de la Educación Superior como uno de los programas orientados al mejoramiento de la calidad y transparencia de la educación superior y se estableció como meta para el año 2002 la aplicación del examen a, por lo menos, una carrera. 

En el año1999, el ICFES inicia, junto con la Asociación Colombiana de Ingenieros, ACIEM, la elaboración de una prueba para Ingenieros Mecánicos, la cual fue aplicada en forma experimental a una muestra de estudiantes en febrero del año 2000. En el 2001 se realizó la primera evaluación formal de estudiantes de pregrado en los programas de Ingeniería Mecánica, reglamentado por el Decreto 2233 del 23 de octubre de 2001, y Medicina, reglamentado por el Decreto 1716 del 24 de agosto de 2001; se contó con el apoyo de ACOFI y de ASCOFAME para este proceso.  Para el año 2002, además de las pruebas de Ingeniería Mecánica y Medicina, se aplicó la prueba de Derecho, reglamentada por el Decreto 1373 del 2 de julio de 2002; para su elaboración se contó con la Universidad Externado de Colombia.

En el año 2003, se realizo una convocatoria nacional en la que se invitó a las instituciones de educación superior públicas o privadas, asociaciones de facultades y agrupaciones de profesionales, para la presentación de proyectos dirigidos al diseño y elaboración de Exámenes de Estado de Calidad de la Educación Superior –ECAES- en atención a metas de Gobierno para el año 2003.

La convocatoria propuso la elaboración de pruebas para 26 carreras. De acuerdo con los términos de dicha convocatoria, para el desarrollo de cada una de estas pruebas se realizaron múltiples talleres, nacionales y regionales, tendientes a recoger los aportes de docentes de cada carrera, tanto en la construcción del marco conceptual como de las preguntas de cada examen.  El ICFES prestó asesoría técnica durante todo el proceso de elaboración de estas pruebas.

En junio de 2003 el gobierno nacional emite el Decreto 1781, que reglamenta los Exámenes de Calidad de la Educación Superior, ECAES. El 1 de noviembre de 2003 se aplicaron ECAES a 27 distintos programas de pregrado, en 41 ciudades del país, a un total de 58974 personas, entre estudiantes de últimos semestres de carrera y egresados.