Esta maestría está diseñada en términos de ciclo de formación desde la Especialización en Ingeniería de Software. Es decir que el estudiante puede obtener dos títulos de posgrado cursando cuatro niveles de formación. Los dos títulos de posgrados son: Especialista en Ingeniería de Software y Magister en Ingeniería de Software. Sin embargo, el programa también contempla la posibilidad de obtener únicamente el título de Magister en Ingeniería de Software. 

Cuando el estudiante elige su formación a través del ciclo de formación debe inscribirse en la Especialización en Ingeniería de Software y su transición a la Maestría se hará al finalizar el Nivel 02 incluyendo su trabajo de grado. En el caso del estudiante que desee cursar su formación únicamente para Maestría en Ingeniería de Software se debe matricular en el Nivel 01 como estudiante de la Maestría.

El plan de estudios está conformado por un total de 48 créditos. En el nivel 03 hay un componente de flexibilidad de 3 créditos, es decir que el estudiante puede seleccionar dos asignaturas electivas (E). El plan de estudios está distribuido en cuatro niveles tal como se muestra en las siguientes tablas. Este plan de formación esta vigente a partir del 2016-I, según acuerdo 44 del 14 de septiembre de 2015.